Nazwa miejscowości wywodzi się, prawdopodobnie, od rosnącej niegdyś obficie na tych terenach trującej rośliny ''ciemiernik''. Pierwotna nazwa mogła więc być Ciemierniki, analogicznie do Trawniki czy Lipniki. W źródłach z XIV wieku wieś zapisana jest jako Chemiernik, Cemernik, a w dokumencie z 1417 roku jako Czemyerniky.
       Udokumentowana historia Czemiernik sięga początkiem XIV wieku. Najstarsze wzmianki mówią o istnieniu w roku 1325 świątyni parafialnej. W tym wieku liczba mieszkańców Czemiernik wynosiła ok. 840 osób.

      Złoty okres dla Czemiernik rozpoczął się ok. 1509 roku. W tym roku Czemierniki wraz z przyległymi dobrami: Skoki, Wola Sucha, Wygnanów stały się własnością zamożnego rodu Firlejów.
      Największą sławę Czemierniki zawdzięczają Henrykowi Firlejowi, późniejszemu Prymasowi Polski.